如實驗室的擴增產物泄露，造成實驗室的污染，那么后果將非常嚴重。要去除污染，
①首先最重要的是保持通風，保證擴增產物片段能順利擴散出去；
②其次可采用稀酸處理法，對可疑器具用1mol/L鹽酸擦拭或浸泡，使殘余DNA脫嘌呤；
③再次采用紫外照射法，紫外波長（nm）一般選擇254/300nm，需要注意的是，選擇UV作為消除殘留PCR產物污染時，要考慮PCR產物的長度與產物序列中堿基的分布，UV照射僅對500bp以上長片段有效，對短片段效果不大；
④最后若污染長時間不能消除，建議更換另外廠家的PCR試劑進行檢測。

要判斷自己的PCR儀器是否正常，可從以下幾方面考慮：
1.儀器開關機，與軟件連接是否正常。
2.儀器運行同樣的實驗所需要的時間是否跟平時一致，由此判斷儀器的加熱制冷模塊是否正常。
3.曲線結果是否呈明顯的S型，若曲線異常，如呈曲折上升狀，則可能是熱蓋問題，或者是熒光檢測裝置出現問題，或者是電壓問題。
4.若曲線的熒光值與平時相比，明顯降低，則要考慮是否需要更換儀器光源（尤其是鹵素燈，其光源壽命約2000h）。
5.若儀器某一孔或幾孔的熒光值明顯高于其他孔位，則需要考慮儀器的孔槽或檢測光路是否受到熒光污染，建議清洗儀器孔槽后并校準后再進行測試。

1）為了保證檢測質量，PCR實驗室應有充分合理的空間，良好的照明和空調設備。工作環境雖不是檢測質量的直接原因，但寬敞舒適的實驗室環境將肯定有利于檢驗質量的保證。
2）合理有效地對儀器設備進行管理，定期做維護和校準，使其處于一個良好的狀態。例如，定期校準移液器，使其保持足夠的準確度和精密度。定期維護熒光定量PCR儀的光學系統和反應孔間溫度差異，使其保持在良好狀態和允許的范圍內。此外，還包括天平，離心機，冰箱等設備的管理。
3）理想的試劑：主要有內外兩個因素，內在因素包括標本處理方法，用于核酸擴增的原材料及方法學設計等。外出因素包括試劑盒的運輸和保存中的問題。
4）標準化操作流程：完整的PCR程序由標本采集，運送，保存，編號，試劑準備，核酸提取，擴增和產物檢測，結果分析和報告等諸多環節，建立科學和與本實驗室配套的SOP文件，嚴格按SOP進行操作。
5）主要污染源和防污染措施：PCR的主要污染源有標本中的大量待測微生物，克隆質粒，大量存在實驗室中的特定微生物以及以前擴增產物的殘留污染等。這些都是實驗室最容易造成假陽性的污染。因此，必須嚴格分區實驗室及遵守工作流程，使用化學清潔實驗臺面，使用紫外線照射和UNG方法消除擴增產物污染等等。
6）進行室內和室間質量控制，室內質量控制可以確保實驗室室內測定質量的一致性，室間質量控制可以提供將實驗室測定情況與一室間和客觀標準進行回顧性比較的數據。

實時熒光定量PCR擴增曲線包括基線期，指數擴增期，線性擴增期和擴增平臺期，標準的曲線應該呈典型的S型。不規則曲線可以根據曲線的具體情況來分析：
1）曲線呈斜線上升原因：熱蓋失靈或熱蓋沒蓋緊，導致控溫不準、液體揮發。解決辦法:更換儀器熱蓋或將熱蓋蓋緊。
2）擴增曲線分成兩段（斷裂）原因：基線的終點大于Ct值，通常是因為模板DNA濃度偏高，CT值< 15，而基線仍然取3-15，其中包含部分擴增信號，導致曲線被壓下去。解決方法：減小基線終點，至Ct值前4個循環，重新分析數據。
3）直線擴增曲線，某些樣本出現直線擴增曲線原因：探針部分降解解決辦法:建議更換試劑進行測試。
4）曲線平臺期下掉原因：蓋子沒蓋緊解決辦法:PCR反應管蓋子蓋上后，檢查蓋子是否蓋緊。